肠结核在初期由于症状隐蔽，不露痕迹，常常使得诊断陷入困境，容易遗漏。对于典型的病例，我们仍然可以寻找到明确的诊断依据。
患者可能会出现腹痛、便秘等消化系统症状，同时伴随发热、盗汗等全身性表现。这些症状可能在腹部检查中表现为右下腹压痛，或者可以触摸到腹部肿块，甚至在不明确的肠梗阻情况下出现。
对于青壮年患者，如果有肠外结核病史，特别是与开放性肺结核有密切接触史，那么诊断肠结核的可能性会大大增加。
血液检查方面，患者可能呈现中度贫血，白细胞计数正常，但淋巴细胞增多，血沉明显加速。在进行X线检查时，病变肠段对钡剂呈现刺激性迹象，排空迅速，充盈不良。在病变的上下肠段，钡剂充盈良好，尤其容易滞留在回肠末端。如果病变肠道能够充盈，可见粘膜皱纹粗糙，肠壁边缘不规则，有时甚至出现锯齿状。还可能出现肠腔狭窄、肠段收缩变形，回肠与盲肠的正常角度消失。
纤维结肠镜检查并不是常规检查项目，但如果病变涉及上结肠，该检查将大大有助于明确溃疡的性质和范围，对诊断和鉴别具有显著帮助。粪便检查方面，样品多为糊状，通常不含粘液或脓血。在常规显微镜下检查，可见少量脓细胞和红细胞。通过粪便浓缩寻找结核杆菌，若结果为阳性则有助于结核病的诊断，但仅当痰检阴性时才有意义。
值得注意的是，由于肠结核早期症状隐匿，甚至X线检查也可能呈阴性，因此对于疑似肠结核的患者，我们应保持警惕，定期随诊或进行诊断性抗结核治疗。这一过程需要医生和患者共同参与，紧密合作，以便尽早明确诊断，开始适当的治疗。